Dette innebærer blant annet å sørge for tilrettelegging, koordinering og veiledning overfor bispedømmene, fellesrådene og menighetene. Det betyr også materiellutvikling, kursing og oppfølging av ressurspersoner og nettverk, samt kontakt og samarbeid med eksterne aktører både nasjonalt og internasjonalt. De er avtalepartner med Stiftelsen Miljøfyrtårn i dette samarbeidet og bærer kostnader for ordningen generelt. Kirkerådet har etablert en felles arbeidsgruppe med bispedømmekontorene, KA og Norges Kirkevergelag som følger opp samarbeidet. KA samarbeider i dette med Kirkerådet om en rekke konkrete delprosjekter, særlig rettet mot kirkebygg.
Ved selv å være sertifisert som «hovedkontor» under Miljøfyrtårn skal Kirkerådet forsøke å avlaste alle underliggende enheter. Særlig for dem som selv vil bli miljøfyrtårn-sertifisert, vil dette bli både enklere og billigere. For grønne menigheter og grønne fellesråd sikrer dette deltakelse i ordningen uten kostnader og uten å måtte bli sertifisert av tredjepart. (Men de vil, som tidligere nevnt da heller ikke kunne bruke Miljøfyrtårn-merket som «label» for sin egen virksomhet).
Bispedømmekontorene – sertifiserte regionale knutepunkter med veiledere
Bispedømmene forvalter ordningen regionalt ved å utfordre, støtte og veilede menigheter og fellesråd i sitt bispedømme. De blir bindeleddet til Kirkerådet.
Avtalen med Miljøfyrtårn krever at bispedømmekontorene selv er sertifisert som Miljøfyrtårnenhet. De får tilgang til den kirkelige miljødatabasen i sitt eget bispedømme og kan bruke den som verktøy i sitt veilednings- og oppfølgingsarbeidet.
Mangeårig erfaring med oppfølging av grønne menigheter viser at det er et stort behov for gode veiledere og ressurspersoner. Derfor tas det sikte på å kurse egne veiledere og kontaktpersoner i hvert bispedømme. Det er et mål at man på sikt vil ha kyndige personer i hele landet, både blant frivillige og ansatte, til å kunne følge opp grønne menigheter og grønne fellesråd.