Kautokeino sokn er eier av tre kirkebygg; Kautokeino kirke, Máze kirke og Máze Zion.
Kautokeino sokn er deleier av Šuoššjávri kapell, sammen med Karasjok sokn og Norges Samemisjon.
Kautokeino menighet holder også gudstjenester i Láhpoluoppal kapell. Kapellets forvalter er Norges Samemisjon.
Kautokeino kirke er en langkirke som ble bygget i 1958.
Máze kirke er en langkirke som ble bygget i 1965.
Máze Zion er en rekonstruksjon av den dansk-norske kirken som ble oppført i regi av Thomas von Westen i begynnelsen av 1700-tallet. Den nye tømmerbygningen Máze Zion ble vigslet til kirkelig bruk 18. september 2022 av Nord-Hålogaland biskop Olav Øygard.
Šuoššjávri kapell er en langkirke som ble bygget i 1968. Den ligger i Karasjok kommune, like ved kommunegrensen til Kautokeino kommune.
