Bygdøy kirke har kun i senere tid blitt en egen soknekirke. Tidliger lå Bygdøy kirke under Skøyen kirke, før den tid under Ullern kirke. Informasjon om Bygdøy har derfor blitt skrevet inn i de respektive kirkebøkene til Skøyen kirke og Ullern kirke. Bygdøy ble først en egen soknekirke i 1998. Siden Bygdøy ikke har vært en selvstendig soknekirke, har menigheten kun en kirkebok som bare omhandler Bygdøy kirke, til forskjell fra Frogner kirke som har mange kirkebøker stående.
Fra og med 01.01.2013 gikk kirkene over fra fysiske kirkebøker til elektronisk kirkebokføring. Informasjon fra de elektroniske kirkebøkene får man blant annet ved å kontakte Kirketorget.
Den eneste kirkeboken som kun omhandler Bygdøy, oppbevares også på Kirketorget. Dette er en felles kirkebok for Bygdøy som har dåp, vielser, konfirmanter, døde og inn- og utmelde i perioden 01.01.1998-31.12.2012. Denne kirkeboken kom i stand etter at Bygdøy ble en egen soknekirke. Ønsker man informajon om innholdet i kirkebøker før den tid, er dette å finne ved å kontakte Skøyen eller Ullern menighet.