Nordstoga har gitt ut flere langspillplater. Som solist har han bl.a. spilt inn to CDer med fransk orgelmusikk av Franck og Widor på Cavaillé-Coll–orgelet i St. Etiennekatedralen i Caen og Bachs triosonater på kororgelet i Oslo domkirke. Siste plateutgivelse er orgelverker av Franz Liszt på hovedorgelet i Oslo domkirke.
Med sin oppvekst i Telemark har Nordstoga også en forkjærlighet for norsk folkemusikk og har deltatt på rekke plateinnspillinger med norske folkemusikere. For platen Bjølleslåtten (slåttar etter Ola Mosafinn) som han ga ut sammen med Knut Buen og Leif Rygg fikk han Spellemannprisen 1994 i klassen folkemusikk/gammaldans. Han vant Lindemanprisen i 2006.
Han har dessuten vært nominert til Spellemannprisen 2000 i klassen klassisk musikk for J. S. Bach: Toccata og Fuga og Spellemannprisen 2012 i klassen klassisk for Bach: Concertos and Chorale Preludes. Vi er stolt og glad for at Kåre Nordstoga nå har blitt tildelt også denne prisen den 3. mai i Oslo Rådhus.