For ein del år tilbake blei NMS spurt om å bistå den lutherske kyrkja i Estland med å bygge opp eit kristent ungdomsarbeid som hadde ligge nede siden mellomkrigstida. I dag støttar NMS opplæring av ungdomsleiarar som skal starte opp arbeid i sine lokale kyrkjelydar.
Det blir videre drevet eit spennande kristent mediearbeid av og for ungdom der ein når mange gjennom magasin og sosiale medium og rekrutterer talentar innan media til å bruke evnene sine i kristen samanheng. Det er store behov for å bygge opp igjen levande kyrkjer der folk faktisk bur, og derfor er NMS også involvert i kyrkjelydsplanting og kyrkjebygging. NMS har både misjonærar og eittåringar i Estland.