Med "skjær" mener vi "ren". Ifølge Johannesevangeliet var det nemlig på Skjærtorsdag at Jesus vasket disiplenes føtter.
Jesus sier til disiplene: "Jeg har lengtet inderlig etter å spise dette påskemåltidet med dere før jeg skal lide" (Luk 22, 15).
Måltidet Jesus spiste sammen med disiplene, var antagelig det jødiske påskemåltidet, en gledesfest til minne om da israelittenes ble fri fra det egyptiske slaveriet. Dette måltidet har et helt bestemt ritual. All maten som er med, skal minne om bestemte hendelser. I rammen av dette måltidet innstiftet Jesus nattverden. Han sa at han i nattverdens brød og vin ville møte sine venner og gi tilgivelse for all synd. (Matt 26, 26-29)
Etter at nattverdsmåltidet var slutt, tok Jesus med seg disiplene til Getsemane. Der gikk han for seg selv og ba til Gud mens han kjempet kampen mot dødsangsten. I mellomtiden hadde Judas inngått avtalen om å forråde Jesus.
Skjærtorsdags gudstjeneste (som gjerne er en kveldsgudstjeneste) avsluttes ofte med at lys og blomster fjernes fra alterbordet.