Altertavlen
er en ukjent mesters verk. Tradisjonen sier han var hollender, men navnet hans er tapt. De nordmennene som hjalp til med treskjærerarbeidet overtok etter hvert ansvaret, og det var Lars Sivertsen og hans medarbeidere som fullførte verket. Den rike embetsmannsenken Kirsten Toller ga 500 riksdaler til altertavlen, og den ble utstyrt med våpenskjoldet til hennes familie.
Etter barokkens stilskjema er altertavlen delt i tre etasjer. Nederst ser vi nattverden, over Kristus på korset med Maria og Johannes stående på siden. Øverst er den seirende Kristus, omgitt av engler. De to kvinneskikkelsene mellom etasjene symboliserer Loven (med lovtavle og pisk i hendene) og Evangeliet (med palmegrener og seiersfanen i hendene).
Prekestolen
er laget av samme ukjente mester, med bistand av norske treskjærere. Den er en gave fra kjøpmann Zackarias Gran. Her slynger akantusen seg enda flottere, enda rikere og fyldigere enn på altertavlen. Her og der titter et engleansikt frem fra løvverket, og en innskrift over trappen sammenligner prestene selv med engler. På stolpen bak presten står et timeglass med fire sylindere, som viser kvarter, halvtime, tre kvarter og hel time. Opprinnelig var det plassert ute på kanten av prekestolen slik at menigheten kunne følge med. I lovverket hadde nemlig kongen foreskrevet at presten ikke skulle preke mer enn en time. For, som kongen sa, "På en time kan det sies mye fornuftig." Kongemonogrammet over himlingen har inskripsjonen C V for Christian V.
Orgelfasaden
er tegnet av Lambert Daniel Karsten, og ornamentikken er utført av Torsten Ottesen Hoff. Den sto ferdig i 1727 og er det eneste av Domkirkens praktfulle barokk-interiør som har stått permanent i kirken siden det ble bygget. Fasaden ble tilbakeført til sin opprinnelige grønnfarge i forbindelse med byggingen av nytt orgel i 1997, og er en av de få gjenværende Karsten-fasadene i Skandinavia.
Døpefonten
i akantusbarokk er laget av Torsten Ottesen Hoff, og ble skjenket kirken i 1720-årene av rektor ved katedralskolen Jacob Rasch. Til døpefonten hørte et dåpshus, som ble tatt ut av bruk. Døpefatet i sølv er laget i 1656 og sto først i Hellig Trefoldighetskirken, byens andre domkirke. Fatet ble "Omgiort og Forbædret" i 1722.
Maria-skulpturen i tre er laget av kunstneren Turid Angell Eng, og var en gave til kirken i forbindelse med 300-årsjubileet i 1997.
Kongestolen
ble bygget i 1700, da Frederik IV. som nykronet konge av Danmark-Norge skulle besøke landet. Kongestolen har hele tiden hatt den samme plasseringen som i dag, men i kong Karl Johans tid (1763-1844) ble den første kongestolen revet og erstattet med en ny. Under restaureringen rundt 1850 ble denne noe forandret. Den utvendige kongeinngangen ble bygget samtidig.
Ved den siste restaureringen rundt 1950 ble kongestolen bevart, som det eneste av inventaret fra 1850, om enn i ombygget stand. Utvendig ble den kledd i barokk stil for å harmonere med kirkens øvrige inventar. Kongeinitialene ble også fornyet: Nå er det H 7 for Haakon VII (1872-1957) som pryder kongestolen.