Jondalen kirke ble bygd i 1882. Kirken ble bygd som en følge av at Jondalen i 1861 ble stadfestet som eget formannskapsdistrikt, med ansvar for kirke og skole. Før den tid hadde Jondalen vært delt i Sandsvær-Jondalen, Gransherad-Jondalen og Flesberg-Jondalen.
Det tok likevel tid før byggingen kom i gang. Først var det hard drakamp om hvor kirken skulle ligge, deretter måtte det velges byggekomite for tredje gang før byggingen kom i gang i 1881 under ledelse av kirkebygger Gudbrand Johnsen fra Nes på Romerike.Kirken ble finansiert ved tilskudd fra staten, Sølvverket ga gratis tømmer og bygdefolket sørget for hogst og transport. I tillegg ble det tatt opp et lån i Oplysningsvæsenets Fond. Kirken ble innviet 11. oktober 1882. Kirkens altertavle kom i 1939, malt av fru sogneprest Gjessing.
Kirkeklokken i Jondalen kirke ble støpt i 1881 ved Bochumer Verien Gusstahlfabrik i Tyskland. En inskripsjon på klokken lyder: "Vaagn op du som sover". Biskopen inviterte i 1955 til et møte med menighetsrådet. Tid og sted var satt, men formannen i rådet kom tilbake og sa at tidspunktet passet dårlig fordi det kom samtidig med fjøsstellet. Man ba derfor om et annet tidspunkt.